Как найти вирусы на сервере?

В первую очередь рекомендуем проверить запущенные процессы в системе, наличие сторонних пользователей, заблокировать все неиспользуемые порты и проверить нет ли лишних заданий в планировщике.

Если испольузете Linux, то можете воспользоваться следующими утилитами для сканирования сервера:
- Linux malware detect
- Rootkit hunter
- ClamAV

В случае использования на VDS Windows, можете проверить сервер привычным вам антивирусом или бесплатной утилитой, например: Microsoft Safety Scanner, ESET Online Scanner, Kaspersky Security Scan.

Если вы столкнулись с заражением скриптов/CMS сайта, то решить проблему поможет утилита Ai-bolit от компании Revisium.

Если данных на сервере немного, то вполне возможно вам будет проще скачать их с сервера и переустановить операционную систему на VDS.